面向国家重大需求和世界科技前沿，立足我园定位和发展目标，聚焦主责主业，结合我园学科发展、全国重点实验室和华南国家植物园建设，进一步优化科研组织架构，在保留原有植物科学研究中心、生态与环境科学研究中心、农业与生物技术研究中心的基础上，新增设立园艺科学研究中心，全园组建十个重大任务团队，形成建制化攻坚实体。具体方案如下。
一、植物科学研究中心
主任：康明
副主任：罗世孝、王宝生
依托的支撑平台：标本馆、华南植物鉴定中心。
中心定位：面向国家生物多样性保护重大需求，紧密结合国家植物园体系和国家公园体系建设，开展植物多样性调查与编目、生物多样性演化与保护研究，致力于建设成为我国植物学和生物多样性学科具有核心竞争力的科学研究和人才培养机构。
下设两个重大任务团队：
1.?植物分类与多样性研究团队（牵头人：罗世孝）
2.?植物进化与保护研究团队（牵头人：康明）
二、生态与环境科学研究中心
主任：刘占锋
副主任：刘菊秀、鲁显楷、王法明
依托的支撑平台：鼎湖山站、鹤山站、小良站、海岛站。
中心定位：面向“美丽中国”“碳达峰、碳中和”“可持续发展目标”等国家重大战略需求，聚焦生态退化、气候变化、环境污染等突出的生态环境问题，以结构—过程—功能—可持续性为研究纽带，解析热带、亚热带典型生态系统对全球变化的适应与反馈机制，突破退化生态系统结构与功能协同恢复的关键技术，探索可持续发展的创新路径，为区域生态系统质量、稳定性和可持续性提升提供科技支撑。
下设三个重大任务团队：
1.?恢复生态学团队（牵头人：刘占锋）
2.?全球变化生态学团队（牵头人：刘菊秀）
3.?可持续生态学团队（牵头人：王法明）
主任：侯兴亮
副主任：段学武、杨宝
依托的支撑平台：植物基因和生物大分子资源发掘平台、植物化学资源发掘平台、特色植物新品种培育平台、特色资源植物智慧化栽培和产业应用示范平台。
中心定位：以农学和植物学学科发展为导向，在国家植物园建设需求牵引下，聚焦农业及资源植物的品质调控和质量安全的科学问题，发掘有利基因资源与生物活性物质，揭示综合优良性状的形成机理，创制并培育新优种质与品种，研发高效集约的关键技术与产品，推动资源植物利用与智慧农业的可持续发展。
下设两个重大任务团队：
1.?农业植物种质创新团队（牵头人：侯兴亮）
2.?果蔬保鲜与加工团队（牵头人：蒋跃明）
主任：王瑛
副主任：陈红锋、宁祖林
依托的支撑平台：引种保育资源圃、植物基因和生物大分子资源发掘平台、植物化学资源发掘平台、特色植物新品种培育平台、特色资源植物智慧化栽培和产业应用示范平台。
中心定位：面向国家植物迁地保护战略需求，以园艺学学科发展为引领，支撑国家植物园迁地保护、园林园艺、科普宣教核心功能发展。聚焦植物多样性迁地保护的原理与实践、重要园艺性状形成解析、战略资源植物评价与创新利用三大方向。重点针对园林观赏植物、功能植物及珍稀濒危植物类群，开展“引种—研究—开发”（Resource- Research- Resolution）的3R模式系统研究，加强驯化栽培和高效繁育技术研究，构建“迁地保育—研究利用—产品开发”一体化的资源可持续利用模式，为植物迁地保护实践提供理论与技术支撑，并推动特色资源植物的引种驯化及产业化应用。
下设三个重大任务团队：
1.?园林园艺植物研究团队（牵头人：陈红锋）
2.?植物资源研发团队（牵头人：王瑛）
3.?引种保育研究团队（筹）（牵头人：宁祖林，同时负责引种保育资源圃）
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